Компания "Транссистема" начала свою деятельность в 1991 году в Республике Казахстан в г.Алматы как научно-внедренческое предприятие, работающее в транспортном секторе. Спустя два года компания вышла на рынок транспортно-экспедиторских услуг, специализируясь на доставке грузов "от двери до двери" всеми видами транспорта, включая услуги по терминальной обработке и таможенному оформлению грузов. Постепенно компания расширила комплекс услуг, активно предоставляя услуги в сфере организации железнодорожных, автомобильных, морских и авиационных перевозок. В настоящее время работает в режиме 3PL-оператора и предоставляет клиентам и партнерам полный спектр транспортно-экспедиторских услуг.

В 1997 г. с целью формирования цивилизованного рынка транспортно-экспедиторских услуг «Транссистема» в сотрудничестве с другими компаниями экспедиторского бизнеса инициировала создание Ассоциации национальных экспедиторов Казахстана (АНЭК). На сегодняшний день «Транссистема» является действительным членом АНЭК, а также входит в состав Наблюдательного совета этой организации. Кроме того, с 1997 г. компания является ассоциированным членом Международной федерации национальных экспедиторских ассоциаций (FIATA), ассоциированным членом Торгово-промышленной палаты Республики Казахстан (ТПП РК), членом Ассоциации таможенных брокеров, Казахстанской ассоциации качества и других общественных ассоциаций и объединений.

Настоящий прорыв в развитии компании произошел в 1998-1999 годах, когда компания была номинирована транспортным агентом предприятий Евразийской Промышленной Ассоциации (ЕПА), объединяющей такие предприятия, как АО «ТНК Казхром», АО «Алюминий Казахстана», АО «ССГПО», АО «Евроазиатская энергетическая корпорация» и пр. Первым и наиболее важным на тот период этапом стала реализация предложенной «Транссистемой» системы транспортно-экспедиторского обслуживания, которая позволила не только обеспечить значительную экономию средств, но также систематизировала работу транспортных подразделений всех предприятий-грузоотправителей, обеспечила возможность структурного анализа грузопотока и определила пути дальнейшей оптимизации транспортных затрат.

2002 год ознаменовался очередным достижением компании на транспортном рынке Казахстана – «Транссистема» стала первой компанией в Республике, предоставляющей услуги по организации железнодорожных перевозок собственным (арендованным) подвижным составом, в соответствии с Программой реструктуризации железнодорожного транспорта Республики Казахстан на 2001-2005 гг. В марте было открыто курсирование арендованных полувагонов «Транссистема» на маршрутах по перевозке угля и бокситов.

В 2007 году произошел очередной «прорывной» виток в истории развития компании - «Транссистема» стала частью транспортной группы ENRC Logistics, которая на текущий момент является центром логистики горно-металлургической корпорации ENRC и объединяет следующие предприятия транспортного сектора: , , , .

С момента своего образования компания уделяла пристальное внимание вопросам качества и прилагала максимум усилий для создания эффективной системы менеджмента на уровне мировых стандартов. В 2000 г. одной из первых в Казахстане «Транссистема» получила сертификат соответствия международным стандартам качества управления ISO 9002:1994. В 2004 году после сертификационного аудита Британским институтом стандартов (British Standards Institution), родоначальником стандартов ISO, компании выдали сертификат ISO 9001:2000. В настоящее время в компании действует сертификат ISO 9001:2008, подтвержденный ресертификационным аудитом BSI в 2009 году. С 2010 г. в компании успешно функционирует международный стандарт по безопасности и охране труда – Система менеджмента профессионального здоровья и безопасности OHSAS 18001:2007. В июне 2011 г. «Транссистема» первой подтвердила соответствие оказываемых экспедиторских услуг казахстанским государственным стандартам: СТ РК 1294-2004: «Экспедиторские услуги на железнодорожном транспорте» и СТ РК 3.43-2003: «Порядок сертификации экспедиторских услуг по перевозке грузов на железнодорожном транспорте». В 2012 г. компания получила международный сертификат экологического менеджмента ISO 14001:2004, что позволило снизить аварийность и уменьшить количество штрафов за нарушение экологического законодательства.

За более чем 20-летнюю историю компания «Транссистема» многократно становилась лауреатом казахстанских и международных конкурсов. Так, с 1999г. компания «Транссистема» ежегодно признается лучшей на национальном конкурсе «Выбор года» в номинации «Экспедитор» и ежегодно становится победителем на казахстанском конкурсе «Лучшая система управления» в номинации «Транспорт». В 2003 г. «Транссистема» была удостоена премии Правительства Республики Казахстан «За достижения в области качества», а в 2007 г. стала дипломантом одноименной премии Президента Республики Казахстан. В копилке наград также значатся Диплом за 3-е место в конкурсе «Лучший работодатель Казахстана-2005», Диплом «Отличник налоговых платежей в 2005 г.» Министерства финансов РК, Премия «Сеним» «Лучшему работодателю г.Алматы и г. Астана» в 2011 г., Сертификат «Лидер стабильности и надежности» Конкурса АНЭК в 2012 г. и многие другие.

Активно позиционируясь на международных рынках, работая с крупнейшими международными и национальными предприятиями, «Транссистема» в течение многих лет регулярно принимает участие в крупных отраслевых событиях национального и международного масштабов, демонстрируя открытость новым разработкам и готовность делиться собственным успешным опытом. Так, компания регулярно представлена на международных логистических выставках, форумах и конференциях, таких как «Транзит ТрансКазахстан» (гг. Алматы-Астана), «ТрансРоссия» (г. Москва), Transport Logistics (г. Мюнхен, г. Шанхай), Железнодорожный бизнес-форум «Стратегическое партнерство 1520»  и т.д.  

Философию «Транссистемы» можно выразить одной фразой: никогда не останавливаться на достигнутом. Только непрерывное и систематическое улучшение всех процессов может обеспечить стабильный рост, и стремительное развитие компании доказывает успешность данной формулы.